El Colegio Seminario de San Carlos y San Marcelo es un centro educativo privado sin fines de lucro, que ofrece sus servicios a niños y jóvenes de la ciudad de Trujillo, en los niveles de primaria y secundaria.
Esta histórica y venerable institución educativa trujillana nació como extensión del servicio educativo del Seminario Conciliar de San Carlos y San Marcelo, fundado por el Señor Obispo de Trujillo, Monseñor Carlos Marcelo Corne, el 01 de enero del año 1625, dando cumplimiento a una disposición dada por el Concilio de Trento.
Desde su creación, y durante muchos años, el Colegio Seminario ha tenido como responsables de su funcionamiento a distinguidos sacerdotes y obispos de Trujillo. Debido a la excelentísima labor realizada en los aspectos materiales, académicos, organizativos, celo pastoral y de orden moral en el interior del Seminario Conciliar por el egregio Monseñor Baltasar Jaime Martínez Compañón, ha resultado que a él se le considere como un segundo fundador de tan sacra Institución Formativa.
A partir de 1782, este centro de formación comenzó a tener las condiciones de una verdadera universidad. Esta situación se cristalizó cuando el 12 de octubre de 1831, en sus claustros benditos, se fundara la Universidad de Santo Tomás y Santa Rosa, hoy convertida en la Universidad Nacional de Trujillo.
El año 1854, con bienes patrimoniales del Seminario y debido al extraordinario aumento de los alumnos de la sección laica, el Director de aquel entonces, ilustre Obispo de Trujillo, Guillermo Charún, dispuso la fundación del Colegio de Ciencias, hoy llamado Colegio Nacional de San Juan.
A partir del año 1883, y luego de seis décadas de fundación de la República, se abrió para el ya ilustre Colegio Seminario una nueva etapa de su vida, pues su administración y funcionamiento fueron encomendados a la Comunidad Religiosa de los Padres Lazaristas, venidos ellos especialmente de Francia. Los padres Lazaristas equiparon maravillosamente el Colegio con moderno material educativo, equipos de laboratorio de física y química, a fin de dar a la juventud una verdadera formación científica, acorde con los avances de la época.
Desde el año 1914 hasta el año 1959, cumpliendo ya sus trescientos años de fecunda vida Institucional, el ilustre Colegio Seminario pasó a ser regentado por la Comunidad Religiosa de los Misioneros HIJOS DEL INMACULADO CORAZÓN DE MARÍA (Padres Claretianos). El celo apostólico de estos venerables sacerdotes hizo que el Colegio Seminario llegará a tener tan grande cantidad de alumnos como no la había tenido durante los tres primeros siglos de su existencia. Este justificado crecimiento motivó para que a mediados del siglo pasado (1950), se ampliara la infraestructura del Colegio con la construcción en material noble de un pabellón de tres pisos de la Calle Zepita. En 1960 se destinó parte del patrimonio para la creación del Colegio Claretiano de Trujillo, al que pasaron todos los alumnos, quedando cerrado por algunos años el colegio.
El cierre de tan magistral Institución Educativa determinó un largo, sentido y justificado sufrimiento de los ex-alumnos, de la comunidad trujillana y del norte del Perú.
Ante ello el Arzobispo de Trujillo convocó a un grupo de ex alumnos en el año 1990, con el apoyo del Presidente de la República de aquel entonces, señor Dr. Alan García Pérez, se logrará el ansiado sueño de ver nuevamente abiertas las puertas del tricentenario Plantel Celeste.
Con la llegada de Monseñor Miguel Cabrejos como Arzobispo de Trujillo, se emprendió un proyecto de reforma Institucional logrando en el año 2015 la REFUNDACIÓN del Colegio Seminario totalmente nuevo, con todos los ambientes renovados y se inicie una nueva época en la exigencia de calidad educativa para nuestro Glorioso e Histórico Colegio, para garantizar una sólida formación integral y la más alta formación académica.